يتم إجراء مطابقة HLA للحد من خطر الرفض في زرع الأعضاء أو الأنسجة أو الخلايا الجذعية. جزيئات HLA مهمة في التعرف على الجهاز المناعي ، وتطابق وثيق بين خصائص HLA من المتبرع والمتلقي يمكن أن تساعد على تقليل احتمال الجهاز المناعي المتلقي الاعتراف الخلايا المزروعة كما الأجنبية ومهاجمتها. هذا يمكن أن يحسن نجاح عملية الزرع وصحة المتلقي على المدى الطويل.